Att ett fruktträd är certifierat innebär att det är producerat från utgångsmaterial med känd härkomst och som rensats från plantburna sjukdomar, främst virus. Det har gjorts på de mest använda sorterna. På flertalet av de E-märkta sorterna finns hängetiketter framtagna.

Virusfria fruktträd medför en rad fördelar:
- Träden blir friskare och starkare
- Högre avkastning
- Bättre vinterhärdighet
- Större motståndskraft mot kräfta
- Träden når snabbare full storlek
- Bättre kvalitet på frukten